В конце 16 в. путь к индонезийскому архипелагу нашли представители Северной и Центральной Европы. Так, британская Ост-Индская компания, созданная в 1600, обосновалась в Бантаме (на западном побережье Явы), который стал главным портом по вывозу перца. Однако гораздо более ощутимым оказалось присутствие голландцев. За первой экспедицией, которая продолжалась с 1595 по 1597 и принесла известие о возможности получения баснословных прибылей, последовал ряд других экспедиций из Голландии. В 1602 была создана Единая Нидерландская Ост-Индская компания, получившая монополию на торговлю со странами Востока.
Голландии не потребовалось значительных усилий, чтобы вытеснить с Молуккских о-вов португальцев, однако изгнать англичан удалось лишь после кровопролитных столкновений. Проводя суровую политику, необходимую для установления и поддержания торговой монополии (аналогичную той, к которой стремились португальцы), нидерландская Ост-Индская компания использовала военно-морские силы. Флотилии военных судов ежегодно совершали инспекционные проверки Молуккских о-вов, уничтожая все незаконные посадки пряностей. В 1621 в процессе борьбы с такими «нарушениями» было уничтожено едва ли не все население о.Банда.
Штаб-квартирой голландцы выбрали не Малакку, а портовый город в западной части Явы, который назывался Джаякарта, или Джакарта. В 1619 этот город был захвачен войсками, которыми командовал генерал-губернатор колонии Ян Питерсзоон Кун, и переименован в Батавию.