В договоре с Великобританией, подписанном в 1824, весь индонезийский архипелаг, за исключением султаната Аче, признавался зоной влияния Нидерландов. Однако большая часть населения за пределами о.Ява продолжала подчиняться независимым или псевдонезависимым местным правителям. В последующие десятилетия голландцы постепенно укрепляли свое господство над всеми этими образованиями, иногда заключая с ними договора, а иногда захватывая земли. Начиная с 1880-х годов, по мере развития промышленности Нидерландов и расширения географии мировой торговли, даже мелкие острова индонезийского архипелага приобретали значение возможного источника сырья или рынка сбыта голландских товаров. Кроме того, Нидерланды опасались возможной конкуренции со стороны таких мощных колониальных империй, как Великобритания, Германия и Франция и, желая утвердить свое абсолютное господство над всем архипелагом, провели несколько завоевательных войн. В самой долгой из них население султаната Аче в течение 30 лет противостояло армии голландцев и сложило оружие лишь в 1903, хотя отдельные местные группы населения еще несколько лет продолжали сопротивление. Последние независимые княжества на Бали покорились лишь после жестоких военных мероприятий, проведенных голландцами в 1906 и 1908. В итоге к 1910 в состав Нидерландской Индии вошли практически все острова архипелага. Исключение составили Новая Гвинея, западная часть которой (именуемая ныне Ириан-Джая) была взята голландцами под контроль в период с 1919 по 1928, а также принадлежавший португальцам Восточный Тимор.